در پاسخ به سوالی که یکی از کاربران پرتال امام خمینی(س) در بخش پرسش و پاسخ در خصوص تعامل امام و روحانیون عراق در زمان حضور ایشان در نجف مطرح کرده است، کارشناسان موسسه تنظیم و نشر آثار امام پاسخ زیر را ارائه کرده اند که حاوی نکاتی ارزشمند و درس آموز است. پرسشگر این سوال را مطرح کرده است که «آیا در زمان حضور امام خمینی در عراق تعاملی میان ایشان و دیگر روحانیون بنام عراقی وجود داشت؟» پاسخ کارشناسان در ادامه آورده شده است:

امام(ره) و شیهد آقای مصطفی ساعت 2 بعداز ظهر 13 مهرماه 1344 از ترکیه به عراق منتقل شدند و ابتدا به کاظمین رفتند. آقا مصطفی خبر ورود امام را به پیشکار مرحوم آیت الله خویی داد و روز بعد مراجع و نیز بسیاری از علمای اهل سنت عراق با اعزام نمایندگانی از امام استقبال کردند. روز 15 مهر امام به سامرا رفتند و بسیاری از علمای شیعه و سنی عراق به استقبال ایشان شتافتند. عصر 16 مهر عازم کربلا شدند و باز استقبال شایان توجهی از سوی نمایندگان مراجع از ایشان به عمل آمد. مرحوم آیت الله شیرازی یکی از مراجع کربلا از امام خواست به جای ایشان نماز مغرب و عشا را در صحن حضرت اباعبدالله(ع) اقامه نماید و سپس از امام خواست که یک هفته در کربلا اقامت نماید. طی این مدت اکثر وقت امام صرف دیدار با روحانیون مقیم کربلا شد. 23 مهرماه امام به نجف اشرف مشرف شدند که در این روز نیز مورد استقبال غالب علمای آن دیار قرار گرفتند.

در اولین شب اقامت در نجف مرحوم آیت الله شاهرودی و آیت الله خویی به  دیدار امام رفتند. شب دوم مرحوم آیت الله حکیم با امام دیدار کردند و سخنان مایوس کننده بین این دو مرجع رد و بدل شد. چرا که مرحوم آیت الله حکیم که خود از افراد مبارز علیه استمعار انگلیس بود، در آن زمان از سیاست زده شده بود و اگر چه احترام امام را به لحاظ مقام مرجعت ایشان محفوظ می­داشت اما مبارزه علنی با رژیم را بیهوده می­دانست.

علمای بنام نجف غالباً مقام علمی امام را ارج می نهادند ولی عده­ای از آنها با دخالت روحانیون در سیاست مخالف بودند و برخی شاگردان آنها پا را از مشی اساتید خود فراتر گذارده گاه علیه امام سخن می­گفتند.  اما امام به شاگردان خود اجازه نمی­دادند علیه هیچیک از مراجع سخنی بگویند و اگر کسانی علیه هر یک از مراجع  مطلبی به زبان می­راندند امام آنان را توبیخ می­کردند با این حال در میان ارادتمندان امام معدودی افراد وجود داشتند که حتی علیه مراجع ایران و علمای نجف بر خلاف نظرات امام رفتار می­کردند.

مرحوم آیت الله شاهرودی یکی از مراجع پرطرفدار نجف که در ایران نیز مقلدین زیادی داشت چندان اهل سیاست نبود اما اجازه داده بود که نام ایشان روی جلد رساله امام درج شود تا ناشرین و مقلدین امام در ایران در تهیه و توزیع رساله ایشان کمتر دچار مشکل شوند.

مرحوم آیت الله خویی نیز اگر چه اهل سیاست نبود اما علیه مواضع سیاسی امام موضع گیری تندی نمی­کرد و تا امام در نجف بودند، بین این دو مرجع روابط حسنه­ای برقرار بود.

مراجع دیگری که مقلدین کمتری داشتند برخی مواضع سیاسی امام را می­ستودند و برخی تلاش داشتند که به پیروان خود بباورانند که سیاست و دیانت از هم جدا است و چون امام در مسائل سیاسی دخالت می­کنند نباید به ایشان نزدیک شد.

از سوی دیگر ورود یک مرجع محبوب به نجف موجب شد علاوه بر بسیاری از علمای شیعه و سنی عراق، بسیاری از علما و روشنفکران مسلمان جهان اسلام با امام رابطه برقرار سازند و تا زمانی که دولت عراق موانع جدی برای ارتباط امام با علما و روشنفکران دیگر بلاد ایجاد نکرده بود، چنین ارتباطی محفوظ ماند و زمینه را برای پذیرش انقلاب اسلامی در ایران به رهبری امام میان بسیاری از روحانیونی که تا قبل از ورود امام به نجف با سیاست میانه خوشی نداشتند مهیا ساخت. همچنین تعامل امام با دیگر مراجع و روحانیون غیر همسو با ایشان چون بیشتر جنبه اخلاقی و عاطفی داشت و اکثر آنها کرامت­های اخلاقی امام را مد نظر داشتند، متقابلاً در مواجهه با امام تلاش داشتند که حتی اگر ورود امام به سیاست را نمی­پسندیدند یا مخالف آن بودند، چنین مخالفتی موجب سوء استفاده رژیم ایران و عراق قرار نگیرد.

شهید آیت الله مصطفی خمینی، امام موسی صدر، مرحوم آیت الله دکتر صادقی و مرحوم نصر الله خلخالی مقیم عراق و افرادی نظیر این روشن­بینان نیز بازوهای امام خمینی برای تامل سازنده با علمای نجف و دیگر بلاد اسلامی و مسلمانان دیگر نقاط جهان بودند و در مجموع می­توان گفت امام به رغم تمام مشکلاتی که حوزه نجف داشت، در تحول آن نسبتا موفق بودند. البته استثناهایی نیز وجود دارد که برخی افراد تندرو چنین استثناهایی را قاعده تصور کرده و اصل را یا نادیده گرفته و یا در حاشیه دیده­اند.

به هر حال به رغم آنکه نجف پس از مرحوم آخوند خراسانی آرام آرام می­رفت تا به حوزه ای کاملا ساکت از وجه سیاسی و اجتماعی تبدیل شود، با اقامت 13 ساله امام خمینی(ره) بی­جنجال، تا حدودی تحولی یافت که هم در انتفاضه مردم عراق در دوران زمامداری صدام و هم پس از حمله نیروهای چند ملیتی به عراق خود را نشان داد. چنانکه اکنون شخصیتی مانند آیت الله سیستانی رابطه وثیقی بین سیاست و دیانت برقرار نموده و اکثر علمای شیعه و بسیاری از اهل سنت عراق مواضع ایشان را به عنوان راهبردهای اصولی می­پذیرند و البته بررسی روند تحول حوزه­ها و مثبت دیدن آنها به معنای آن نیست که حوزه­های علمیه اعم از عراق و ایران با مطلوب امام(ره)، فاصله­ای نجومی ندارند.